Microbioma de las vías aéreas se altera en el asma severa asociado a los neutrófilos

El kit Nextera XT Index se usa para preparar bibliotecas de
secuenciación del genoma completo para aislamientos
bacterianos.

Los pacientes con asma leve a moderada pueden experimentar dificultad para respirar y es especialmente difícil para las personas con asma grave, donde los síntomas pueden ser potencialmente mortales. En cualquier caso, los pacientes no pueden participar en actividades diarias si su enfermedad no está controlada.
Como no existe una prueba “patrón oro” única, el diagnóstico clínico de asma se basa en la evidencia de síntomas respiratorios recurrentes; reversibilidad con el tratamiento antiasmático; y obstrucción variable del flujo de aire. Demostrar cualquiera o las tres, de estas características en un entorno clínico es un reto a medida que la enfermedad fluctúa.
Un equipo de científicos que trabajan con la Franquicia Médica Global GSK (Brentford, Reino Unido) utilizó el análisis metagenómico del esputo para determinar si había una relación entre la inflamación neutrofílica y el microbioma de la vía aérea en el asma grave. No se han realizado análisis metagenómicos previos en el asma grave para comprender esta relación. El esputo inducido se obtuvo de cuatro cohortes como parte del programa de estudio U-BIOPRED: (A) 97 pacientes con asma grave, no fumadores, (B) 50 pacientes con asma grave, fumadores actuales/antiguos, (C) 25 pacientes con asma no grave tratada con esteroides y (D) 23 controles sanos.
Las muestras se prepararon para secuenciación con el kit Illumina Nextera (Illumina, San Diego, CA, EUA) y se cuantificaron con los ensayos Quant-iT dsDNA de Alta Sensibilidad (Thermo Fisher Scientific, Waltham, MA, EUA). Las bibliotecas se agruparon y se procesaron con protocolos de secuenciación de 100 pb de extremo pareado en la plataforma Illumina HiSeq 2500, con el perfil taxonómico (MetaPhlAn2), lecturas mapeadas a KEGG v75.0 (Diamond), aceptando aciertos ≥20 aminoácidos con una similitud de ≥80% y los recuentos de rutas derivados de la suma de la abundancia relativa de KO a las rutas a las que pertenecen.
Los científicos informaron que hubo reducciones en la riqueza y diversidad entre los asmáticos graves y las dos cohortes de control. En el análisis de los perfiles metagenómicos, la diversidad de los taxones alfa se correlacionó inversamente con el porcentaje de neutrófilos en el esputo. Veillonellaceae, Prevotellaceae, Neisseriaceae, Streptococcaceae, Porphyromonadaceae y Micrococcaceae se correlacionaron negativamente con el porcentaje de neutrófilos. Moraxellaceae se correlacionó positivamente con el porcentaje de neutrófilos. El equipo informó que 67 unidades taxonómicas operacionales (UTO) se correlacionaron significativamente con el porcentaje de neutrófilos, y 65 UTO se correlacionaron negativamente con el porcentaje de neutrófilos. Dos UTO: Moraxella catarrhalis y Haemophilus influenzae, se correlacionaron positivamente. Treinta genes se correlacionaron negativamente con el porcentaje de neutrófilos. No hubo correlación con los eosinófilos del esputo.
Los autores afirman que su estudio asocia un perfil metagenómico anormal de las vías respiratorias en el asma grave con una inflamación neutrofílica de las vías respiratorias. Se necesita un mayor enfoque para comprender mejor la dinámica de esta relación, ya que el asma neutrofílica severa sigue siendo una necesidad clínica importante no satisfecha. El estudio se presentó el 22 de mayo de 2019 en el Congreso Anual de la Sociedad Americana del Tórax 2019, celebrado del 17 al 22 de mayo en Dallas, Texas, EUA.

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